魚肉含有豐富的蛋白質和DHA，是非常優質的白肉來源，一般也建議每周能攝取280克至500克左右的魚肉，其不飽和脂肪酸就有降低心血管疾病、中風等風險。不過並不是每一種魚肉都適合民眾攝取，根據《健康頭條》引述丁香醫生的報導指出，營養科專家阮光鋒建議下列魚類應避免或減少食用：
一、不新鮮的魚
挑魚的時候注意魚眼清晰明亮，魚鰓呈鮮紅色，魚背有彈性的魚。如果聞嗅時發現魚肉有酸臭味（氨水味），表示可能已經腐敗含有細菌代謝物，總的來說，盡量選擇顏色尚未發暗、發黑的魚肉。
不少人有迷思一定要買活魚才新鮮，但是經過正規冷凍加工的冷凍魚肉營養價值並沒有顯著的差異，也是適當的選擇。
二、大型肉食魚類
大型肉食魚類因為體內容易蓄積重金屬，國際權威醫療機構大多指出，不要吃鯊魚、劍魚、旗魚、方頭魚這些大型魚類。正所謂「大魚吃小魚，小魚吃小蝦，小蝦吃泥巴」，食物鏈等級越高的生物，體內的有害物質就越多。
國內食藥署的最新飲食指南也建議，別給6歲以下孩童吃大型魚類，孕婦則能不吃就不吃。由於這些大型魚類中的甲基汞沉積量較高，易傷害兒童腦部，影響智力發展，鮪魚、旗魚、油魚和鯊魚這四種大型掠食魚類應盡量避免。
三、醃製過的魚類（鹹魚）
世界衛生組織及聯合國農糧組織發部的《飲食營養與慢性病防治》報告，已明確指出將「中式鹹魚」列為第一級致癌物（與煙、酒同列），經常吃鹹魚已證實會增加鼻咽癌的風險。
不過，世界衛生組織所說的「中式鹹魚」其實是指「廣式鹹魚」，製作時會將魚及內臟一起醃製，只有一些較大型的魚會先把內臟從喉部清除，放在桶中以粗鹽醃製，經一至五日後再取出風乾。這與台灣、日本的流行的鹹魚「一夜干」的製作方式不同，致癌風險也不可同日而語。
此外，阮光鋒也提醒若是同一種魚種，「不要挑太大的魚」，太大的魚表示魚齡老，肉質粗糙，容易有環境污染物。至於一直以來被盛傳「吃動物糞便維生」鲶魚，其實是適應能力較強的魚種，也沒有傳言中的那麼「骯髒」，反倒算是肉質鮮美，適合酌量攝取。
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